Отделение хирургии было организовано с первых дней открытия нового корпуса областной клинической больницы. Трудности организации и становления отделения легли на плечи еще молодых тогда хирургов И.А. Дрель, Г.А. Бобохидзе,

В.А. Самойлова, которыми руководил заведующий отделением к.м.н. Леонид Яковлевич Шнайдер  (1939-2009).  

В настоящем виде отделение  хирургии существует с 1982 года, когда отделение общей хирургии объединилось с гастрохирургическим отделением. Заведующим отделением стал Николай Фёдорович Тихонов (1939-2010). 

Отделение гастрохирургии было создано для оказания плановой и неотложной помощи больным с заболеваниями желудочно-кишечного тракта, печени, поджелудочной железы.  В ОКБ поступали пациенты с заболеваниями и травмами брюшной полости, вывезенные из районов области и других лечебных учреждений, с ранними и поздними послеоперационными осложнениями. Изначально гастрохирургическое отделение тесно сотрудничало с  отделением санитарной авиации и хирургами центральных районных больниц. Постоянно проводилась  учебно-воспитательная работа. Обучено не одно поколение врачей. Многие годы отдавали свои знания и силы молодым врачам  заведующий  отделением Н.Ф. Тихонов, врачи Ю.А. Худобин, Т.Ф. Шишина,  Л.Д. Солодникова, Г.А. Бобохидзе, И.А.Авилова. Со временем  в развитие хирургии внесли свой вклад  новое поколение хирургов: В.Г. Лобанов, А.Р. Пропп, И.В. Нефёдов Е.В. Захаров, Е.В. Хряков,  В 90-х гг. в отделении  стали активно оперировать на  пищеводе и поджелудочной железе.

На базе хирургического отделения впервые в ОКБ были выполнена пластика пищевода желудочным трансплантатом,  ряд операций  на поджелудочной железе при  раке и хроническом панкреатите, включая панкреатодуоденальную резекцию, совершенствовалась техника реконструктивных операций на желчных путях и желудке. С 1994 года в ОКБ стала активно развиваться лапароскопическая хирургия.  Научное руководство отделением на протяжении  многих лет  осуществляли доценты А.Г. Барбанчик, Н.Н. Цыганов, А.И. Добровольский, профессор В.Л. Полуэктов. Постоянную курацию отделения осуществляли главные хирурги области доцент А.Г. Барбанчик, профессор В.А. Самойлов, к.м.н. В.Н. Харитонов.  С 1997 г. заведующим кафедрой факультетской  хирургии  с курсом урологии  стал профессор, д.м.н. В.Л. Полуэктов, который продолжил традиции клиники.

Большую роль в лечебном процессе всегда играют средние медицинские работники. Долгое время  среднее звено гастрохирургического отделения возглавляли старшие сестры А.А. Волкова, Р.Т Копейкина, Л.Г. Родионова, Л.Е. Бруякина, О.В.  Камаргина. Работали  медсестры С. Стукалюк, И. Павлюченко, Л. Ворстер и Т.Н. Колодина, Р.Д. Пахолкова, Т.Н. Башкова, С.Г. Курбан, Т. Абулхменова, Г. Гальперина,

В 2007 года отделение возглавил Роман Александрович Арестович. В рамках созданного гепатологического центра, отделение  продолжило своё развитие в  хирургии печени и поджелудочной железы. Выполнялись радикальные (гемигепатэктомии) и паллиативные операции на печени  с внедрением  разработанных новых  технологий  совместно с кафедрой факультетской хирургии.  

С 2011 года  хирургическим отделением БУЗОО «ОКБ» заведовал  к.м.н. Александр Робертович Пропп.

В соответствие с поставленными перед отделением задачами, было продолжено внедрение новых лапароскопических и малоинвазивных технологий в лечении больных гастрохирургического профиля, а также новых технических решений при  хирургическом лечении хронического панкреатита. Одним  из  ведущих направлений отделения  являлась хирургия поджелудочной железы. В БУЗОО «ОКБ» появилась возможность провести комплексное обследование пациентов с использованием самой современной аппаратуры (УЗИ, компьютерная томография, ядерно-магнитная томография, Магнитно-резонансная панкреатикохолангиография, ангиографический комплекс, эндоскопические исследования различного уровня сложности) сертифицированными специалистами  с возможностью определить тактику дальнейшего лечения.. Многие операции в БУЗОО «ОКБ»  проведены впервые в г. Омске: операция Бегера-Фрея, субтотальная резекция головки поджелудочной железы в Бернском  варианте операции Beger, продольная панкреатоеюностомия при нешироком панкреатическом протоке,  диастазе между дистальной и проксимальной культёй главного панкреатического протока у пациентов с хроническим панкреатитом.

С 2021 года руководителем хирургического отделения стала Светлана Александровна Никулина.

Приоритетными направлениями развития отделения остаются хирургическая панкреатология, хирургия желчного пузыря и внепеченочных желчных протоков, современные методы герниопластики. Предпочтение в выборе метода операции отдается лапароскопическим технологиям, как при оказании плановой помощи, так и в неотложной хирургии. Это обеспечивает малую травматичность и кратковременность восстановительного периода. Герниопластика с использованием современных сетчатых эндопротезов позволяет успешно добиваться  хорошего функционального и косметического эффекта.  Большой  раздел  хирургической деятельности отделения занимает  хирургия осложнений желчнокаменной болезни и хирургия поджелудочной железы.

Заболевания  билиопанкреатодуоденальной зоны в течение многих лет занимают лидирующие позиции  структуре хирургической абдоминальной патологии. В отделении продолжают  широко применяться пункционные способы лечения  жидкостных образований брюшной полости и забрюшинного пространства, а также дренирования  желчных протоков под УЗ-контролем. Это позволяет без открытых и травматичных вмешательств достигнуть выздоровления у очень тяжелого контингента больных с абсцессами печени, кистами поджелудочной железы, механической желтухой и холангитом. При  выполнении пункционных вмешательств отделение активно сотрудничает  с отделением  лучевой диагностики (Поляков А.В.). Освоены и внедрены методики лапароскопической имплантации системы для перитонеального диализа у больных с почечной недостаточностью, и пункционной гастростомии у пациентов с бульбарными нарушениями. Накопленные знания и опыт  позволяют  выбирать оптимальные методы хирургического лечения для каждого пациента.

На базе отделения организовано обучение хирургов по направлению «Лапароскопическая хирургия». Отделение является учебной базой кафедры факультетской хирургии с курсом урологии ОмГМУ (зав. кафедрой проф. Полуэктов В.Л.) для подготовки клинических ординаторов по специальности «Хирургия»

Многими хирургами отделения  пройдена подготовка по освоению новых лапароскопических операций в Казанском образовательном центре высоких медицинских технологий, а также в ведущих клиниках Москвы и Санкт-Петербурга.