Отделение сосудистой хирургии организовано в 1974 году. Первую операцию на сосудах в г. Омске выполнял доцент И. Н. Бычков. Открытию отделения предшествовала большая работа, проведенная коллективом кафедры факультетской хирургии. Одним из основателей направления был профессор М. П. Вилянский, а затем профессор Л. В. Полуэктов, который выполнил первую трансфеморальную аортографию в 1964 году.

Первая прямая тромбэктомия из подколенной артерии была выполнена профессором М. П. Вилянским и Н. В. Кайгородовой, первую реконструктивную артериальную операцию выполнила Н. В. Кайгородова в 1973 году. К моменту открытия отделения в больнице имелся опыт проведения более 150 операций при повреждении магистральных сосудов. В составе вновь организованного отделения были Даниленко В. Н., зав. отделением, К. В. Андресон, Ю. Т. Цуканов, Ю. Р. Ерещенко и А. М. Купреева.

С первых дней работы отделения и на протяжении 25 лет научным консультантом была доцент кафедры Н. В. Кайгородова, которая и по сей день работает врачом отделения. Первая реконструктивная операция в объеме аорто-бедренного шунтирования была выполнена в 1975 году. С 1974 по 1997 год работал зав. отделением Даниленко В. Н., затем д. м. н. Белоглазов В. В.

С 1999по 2006 год отделением заведовал к. м. н. Дударев В. Е. Коллектив отделения постоянно пополнялся новыми специалистами. С 2006 года коллектив отделения возглавил Губенко А.В.

За время работы отделения объем реконструктивных операций на сосудах значительно вырос. Их выполнено более 5 тыс.

С 1989 года в работе отделения стали применяться эндовазальные методы восстановления кровотока по магистральным, сонным и почечным сосудам.
За 40 лет бригадами сосудистых хирургов выполнено более 6500 выездов в стационары города и области, где выполнено более 3 тыс. неотложных операций. Практическая работа отделения неразрывно связана с научной деятельностью, что позволило значительно улучшить показатели обследования и лечения пациентов, подготовить и защитить 2 докторские, 6 кандидатских диссертаций и опубликовать более 300 научных статей.

В настоящее время основным научно-практическим направлением деятельности является хирургическое лечение атеросклеротического поражения аорты и магистральных артерий. За последнее время внедрены методы исследований сосудистой системы, позволяющие выявить не только локализацию и характер поражения стенки сосуда, но и определить их патологическое влияние на кровообращение органа или системы. Полученные результаты свидетельствуют о том, что только ранняя выявляемость и лечение больных с хронической ишемией головного мозга позволяют снизить риск развития инсульта. Выполняются все виды эндоваскулярных вмешательств и оперативные вмешательства при сосудистой патологии с использованием видеоэндоскопической техники.

Накопленный научно-практический потенциал, хорошее диагностическое оснащение и укомплектованность квалифицированным персоналом позволяют занимать ведущие позиции в данной области хирургии в России и исключить направление больных в другие центры.

Большой раздел работы отделения занимает оказание неотложной помощи пациентам города и области. Ежегодно бригадами сосудистых хирургов выполняется до 300 выездов в стационары города и области, при которых осуществляется консультирование сложных случаев заболеваний магистральных сосудов и выполнение экстренных операций.

Интенсивная практическая работа сопровождается активной научно-исследовательской деятельностью. Сотрудниками отделения на материале работы всего коллектива подготовлено и защищено 2 докторских и 6 кандидатских диссертаций.

На четвертой межрегиональной конференции России «Интервенционная ангиохирургия» президент Российского и Европейского общества сосудистых хирургов академик РАМН А. В. Покровский и ведущие специалисты страны подтвердили высокий уровень оказания специализированной сосудистой помощи в Омской области.

Старшими сестрами отделения работали Ибрагимова Т. П., Наумова Т. В., Гавриленко М.В., в настоящее время - Обиденко Елена Валерьевна.

Заведует отделением в настоящее время сердечно-сосудистый хирург высшей категории Губенко Александр Викторович.